Dieren in agro-ecologische systemen worden gehouden met respect voor hun natuurlijke gedrag en welzijn. Ze hebben toegang tot voldoende ruimte, variatie in voeding en mogelijkheden om natuurlijk gedrag te vertonen.

Gezonde dieren leveren ook betere producten: melk, vlees of eieren van hogere kwaliteit. Door dieren te integreren in landbouwsystemen, bijvoorbeeld via gemengde bedrijven, sluiten kringlopen zich beter en ontstaat een synergetisch systeem.

Diergezondheid hangt nauw samen met ecologische gezondheid: gezonde bodems en gevarieerde teelten beperken ziekten en verminderen de nood aan antibiotica of chemische interventies.